W Szczecinie od 1844 roku istniał tzw. przebudzeniowy krąg biblijny prowadzony przez weterana wojen napoleońskich Jana Fryderyka Klaudera. Ów człowiek przeżył swoje przemieniające spotkanie z Chrystusem poprzez czytanie Nowego Testamentu.
Zbór od 1855 roku spotyka się w wybudowanym przez siebie budynku przy obecnej ulicy Stoisława 4. Jest to najstarsza zachowana kaplica baptystów na terenie Polski.
Do 1909 roku przyjęto do zboru poprzez chrzest 942 osoby. Historia zboru obejmuje czasy dwóch wojen światowych, a po 1945 roku zbór kontynuował działalność pod kierownictwem kolejnych pastorów polskich.
Na początku lat 2000-nych kościołowi udało się odzyskać budynek, obecnie przeprowadzany jest remont całego budynku tak, aby mógł być wykorzystany przez kolejne dekady dla Boga i ludzi.